清光緒二十一年（西元一八九五年），簽訂馬關條約，日軍登台後，首遭三角湧義軍抵抗，殲滅日軍數百人，隨後遭日軍焚街燒殺報復，三角湧街庄及祖師廟皆在此時付之一炬，於日治初期再度於廢墟中重建。日治中期，日人開始開採煤礦與木材，成為三峽新興工業。
此時的染布業也因洋服、西服及布行代之而日漸衰頹。大正五年（西元一九一六年），推行「街區改正」工作，形成今日民權老街現存的立面，並建設輕便鐵道作為主要文通工具。
日治晚期，日人大力推展皇民化運動，三峽著名地標－三峽拱橋，也在此時期落成，水運時代自此宣告結束，三峽街庄的交易逐漸轉變成基本的民生消費。
台灣光復後，改制為三峽鎮，三峽人的信仰中心－長福巖清水祖師廟由藝術家李梅樹教授主持改建，由於建造技術匠心獨具，精雕細琢，造就了祖師廟「東方藝術殿堂」的美名，使祖師廟在莊嚴的宗教氣息中，增添珍貴的藝術價值。